Такаги Ёсинрю имеет очень мало общего с другими школами Будзинкан. Дай Ниппон Бугэй Рю Ха сообщает, что ряд техник, которые в последующие годы стали известными под названием Такагирю, были собраны вместе странствующим даосским монахом по имени Соунрю в 1569 году. Он жил в местечке Рикудзэн Фунагава, недалеко от горы Санроку. Техники Такагирю подразделяются на разделы тайдзюцу, бодзюцу и сюрикэн.
Несколько поколений спустя, рю была передана Ориемон Сигэноби Такаги, самураю из местечка Катакура Кодзиро в префектуре Фукусима. Его с шестнадцати лет обучал Ито Сукэсада, который выдал юноше мэнкё кайдэн, когда ему исполнилось двадцать лет. Ориемон родился 2 апреля 1625 года и умер 7 октября 1702(?) года. Он пересмотрел и улучшил известные ему техники и систематизировал весь технический арсенал Такагирю. По этой причине рю было названо по его имени.
Учителями фехтования мечом для сёгуната Токугава в 1600-х годах были представители Ягюрю. Вполне возможно, что они были ниндзя. Такаги устроил несколько схваток с ними, победил и, таким образом, поместил Такагирю на карту школ японских боевых искусств тех лет.
Традиция была передана Уманносукэ Сигэтада Такаги. Уманносукэ начал учиться у мастера Ориемон в 1671 году, когда ему также было шестнадцать лет. Он добавил в стиль новые техники тайдзюцу из школы Такаутирю. В последствии он преподавал в школе Такагирю дакэнтайдзюцу, бодзюцу, содзюцу, нагинатадзюцу и сэнбан нагэ. В 1695 году император признал его искусным боевым мастером. Уманносукэ также изучал дзэн под руководством монаха Гудо-Васё. Некоторые из концепций дзэн были потом введены в обучение рю. Уманносукэ много путешествовал по всей Японии, преподавая свою систему дакэнтайдзюцу. Он умер 26 апреля 1711 года.
Гэнносин Хигэсигэ был сыном Уманносукэ, и он изменил название стиля на Такаги Ёсинрю Тутайдзюцу. Он преподавал в префектуре Хиого. Гэнносин встретил Окуни Сигэнобу, который был мастером стиля Кукисиндэнрю. Гэнносин попросил Окуни остаться и преподать ему свою систему для усовершенствования Такаги Ёсинрю. Эти два сокэ изменили свои рю и создали Такаги Ёсинрю Дзютайдзюцу и Кукисиндэнрю бодзюцу. Гэнносин умер от болезни 2 октября 1746 года. Перед смертью он попросил, чтобы Окуни продолжил вести обучение тем новым способом, который они создали вместе. Окуни после этого переименовал стиль в Хон Тай Такаги Ёсинрю.
В октябре 1841 года Яги Дзигэро Хисаяси, самурай, уволенный из замка Ако в префектуре Хиого, открыл своё додзё в Акаси (преф. Хиого). Он обучил Иситани Такэо Масацуги. Его сын Иситани Масатаро также стал сокэ Кукисиндэнрю и Синдэн Татарарю (это название позже было изменено на Синдэнфундорю). Иситани Масатаро учился позже у мастера Акияма Ётаро. Он внёс в стиль некоторые изменения, и Такаги Ёсинрю была основана, но старая линия сокэ не была забыта и продолжала развиваться с новым названием. Иситани обучал Такамацу Тосицуги с 1903 по 1911 год.
В июне 1952 года Сато Кинбэй Киёаки начал учиться у Такамацу, а позже стал семнадцатым сокэ этого стиля, но это не Такаги Ёсинрю, который преподаётся в рамках системы Будзинкан. Этот стиль называется Хон Тай Такаги Ёсинрю. В ноябре 1989 года Сёто Танэмура который был сокэ Гэнбукан Нинпо стал восемнадцатым сокэ Хон Тай Такаги Ёсинрю Дзютайдзюцу. После смерти Такамацу, Масааки Хацуми стал семнадцатым сокэ Такаги Ёсинрю Дзюдзюцу. В Японии существует также ещё одна школа под названием Хон Тай Рю Дзюдзюцу. Три различных школы по сути одинаковых, но с разными сокэ создают сейчас их собственные истории.
Такаги Ёсинрю Дзюдзюцу идёт в своих техниках дальше, чем дзюдо или айкидо, которые позволяют противникам перекатываться или падать для противодействия приёмам. Его техники делают такие уходы невозможными. В прошлом эти приёмы использовались в сражениях, где самураи носили доспехи, поэтому удары не имели большого значения. Более эффективным действием был бросок, после которого противника прижимали к земле весом своего тела. Основу технического арсенала Такаги Ёсинрю составляют броски, блоки и контрудары. Часто используются удержания и освобождения из захватов. Последовательные уровни освоения стиля: сёдэн но гата, тюдэн но сабаки гата, тюдэн но тай но.
